Da su nombre a la familia Ctenosauriscidae, que incluye otros poposauroides con vela como Arizonasaurus.

El holotipo se encontró en un depósito llamado Solling-Bausandstein, que es un afloramiento del Buntsandstein medio superior en la región de Eichsfeld.

Permaneció sin describir hasta 1902, cuando el paleontólogo alemán Friedrich von Huenelo designó como la nueva especie Ctenosaurus koeneni.

[1]​ Ctenosauriscus fue clasificado primero como un pelicosaurio similar a Edaphosaurus, y luego como un temnospondilo estrechamente relacionado con Platyhystrix.

El paleontólogo austriaco Othenio Abel colocó a C. koeneni como un anfibio temnospondilo estrechamente relacionado con Platyhystrix (que, como Dimetrodon, era del Pérmico Inferior).

[2]​ Richard J. Butler, Stephen L. Brusatte, Mike Reich, Sterling J. Nesbitt, Rainer R. Schoch y Jahn J. Hornung publicaron una nueva descripción del holotipo en 2011.

Estas espinas se curvan ligeramente hacia adelante en la parte delantera de la vela y ligeramente hacia atrás en la parte trasera de la vela.