[2]​ Posteriormente se unió formalmente al recién fundado Partido de la Revolución Democrática.

Cristóbal Arias Solís fue elegido nuevamente para representar al PRD a la candidatura del gobierno[8]​[9]​ tras dificultades internas con el precandidato Roberto Robles Garnica que alegaba fraude e impugnó el proceso.

[10]​ Una vez más Arias consiguió el segundo lugar, superando al candidato panista Felipe Calderón Hinojosa pero perdiendo ante el priista Víctor Manuel Tinoco Rubí.

[11]​[12]​ En el año 2001 respaldó la candidatura del sol azteca de Lázaro Cárdenas Batel que se convertiría en gobernador.

[13]​ En marzo de 2018 se convierte en candidato a senador por la alianza Juntos Haremos Historia encabezada por Morena, partido fundado por Andrés Manuel López Obrador.