Esta especie fue descrita originalmente en el año 2016 por los ictiólogos Luiz Fernando Caserta Tencatt y Willian Massaharu Ohara.
[1] La localidad tipo referida es: “en las coordenadas: 09°06′47.4″S 60°25′14.1″O / -9.113167, -60.420583, sobre un afluente del río Guariba, drenaje del río Aripuanã, cuenca del río Madeira, municipalidad de Colniza, distrito de Guariba, estado de Mato Grosso, Brasil”.
[1] Los paratipos tienen los mismos datos de colecta que el holotipo; son los numerados como: INPA 48033; MCP 48748; MZUSP 117335; NUP 17314; NUP 17315 y ZUFMS-PIS 4064.
[1] Etimológicamente el término genérico Corydoras viene del griego, donde kóry es 'yelmo', 'coraza', 'casco', y doras es 'piel'.
El nombre específico pavanelliae es un epónimo genitivo que refiere al apellido de la persona a quien fue dedicada, la ictióloga Carla Simone Pavanelli, asesora y amiga del primer autor, en reconocimiento por sus extensas contribuciones al conocimiento de la ecología y taxonomía de las especies neotropicales.