Esto sucedió porque en 1272 en su lecho de muerte, Go-Saga insistió en que sus hijos adoptaran un plan para que los futuros emperadores de las dos líneas fraternales pudieran ascender al trono en una sucesión alternativa.

Luego de la destrucción del shogunato, Kōgon perdió su poder, sin embargo, su hermano el Emperador Kōmyō y dos de sus hijos tuvieron el apoyo del nuevo shogunato Ashikaga desde 1336 como clamantes en derecho al trono.

No obstante, Takauji desconoció dicha aseveración y persistió con el reconocimiento de Kōmyō como emperador legítimo.

Todos los miembros de la rama Jimyōin y sus aliados conformaron la Corte del Norte (北朝, Hokuchō?)

La capital del shogunato sería trasladado de Kamakura a Kioto.

También en 1339, Kitabake Chikafusa sufrió un asedio en su castillo en la provincia de Hitachi que duró cuatro años y que al final las fuerzas del shogunato lograron vencer, Chikafusa pudo escapar en dirección a Yoshino, convirtiéndose en el consejero principal de Go-Murakami.

Tanto Kō no Moroyasu y su hermano Moronao, comandaron las fuerzas del norte; mientras que Kusunoki Masatsura, hijo de Masashige, y Kitabake Chikafusa, comandarían las fuerzas del sur.

Con esta diferencia se enfrentó a los hermanos Kō, pero fue expulsado del shogunato, se convirtió en un monje y posteriormente huyó a Yoshino volviéndose aliado de la Corte del Sur.

[10]​ A pesar de que la Corte del Norte ya poseía un emperador, la Revuelta Kan'ō persistió.

Kioto fue tomada por las fuerzas de la Corte del Sur en 1353, 1354 y 1355, aunque rápidamente el shogunato retomaba continuamente la ciudad.

En ese incidente el oficial del shogunato Hosokawa Kiyouji, se había pasado al bando de la Corte del Sur y junto a Kusunoki Masanori, un antiguo aliado del shogunato, habían retomado Kioto a finales de 1361, aunque sólo la ocupación duró 18 días ya que Yoshiakira realizó un contraataque y recuperó la ciudad.

En 1369, Kusunoki Masanori abandonó el comando de la Corte del Sur, tras desacuerdos con el emperador y se unió al shogunato.

[8]​ Hacia 1370, el shogunato Ashikaga decidió enviar al comandante y poeta Imagawa Sadayo hacia Kyūshū, que llevaba alrededor de cinco años como principal feudo de la Corte del Sur.

Con esta distensión, el Príncipe Kanenaga logró reorganizarse y forzó a Sadayo hacia el norte de la isla.

Éste intentó pedir ayuda al shogunato, pero nunca recibió respuesta y el conflicto se extendería hasta la muerte del Príncipe Kanenaga en 1383 y la muerte del líder del clan Shimazu en 1385; a partir de estos hechos, el shogunato pudo asegurar la totalidad de la isla.