Al equipo campeón se le otorgó un cupo a la Copa Sudamericana 2013.

[2]​ Al igual que en las tres ediciones anteriores,[3]​ los 36 equipos afiliados a la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) toman parte del torneo, divididos en seis grupos con igual número de equipos que se enfrentaron todos contra todos en 10 fechas.

Los dos primeros equipos de cada grupo, junto con los cuatro mejores terceros clasificaron a la siguiente fase.

Los equipos que se ubiquen en el 1° y 2° puesto avanzan a los Octavos de final; asimismo, avanzarán los cuatro mejores equipos que se ubiquen en el tercer lugar de su grupo.

Equipos pertenecientes al Eje cafetero, la Región del Tolima Grande y Zipaquirá.

Maciel Preciado Andrade Chará Bustos Córdoba Gómez Aguirre Zapata Páez

Díaz Rojas Fonseca Correa Ramos Angulo Pérez Botero Escobar Lozano