Al aumentar la devoción de la feligresía se decidió labrar el Convento y Casa en 1542, aunque en su arquitectura se mezclan con la fábrica original importantes intervenciones de los siglos XVII y XVIII.
Dos son los conjuntos que componen el inmueble; el primero está compuesto por las antiguas hospedería y panadería, así como por el puente de Caños Santos; el segundo, por su parte, se encuentra fronterizo a aquel, y es el de mayor significado desde el punto de vista arquitectónico, ya que lo componen la iglesia, así como algunas dependencias anejas.
También debemos indicar que, adosada al muro del Evangelio, aparece una capilla de planta poligonal.
Un esquema muy semejante es el del segundo cuerpo, aunque aquí es un óculo, rematado por un escudo heráldico, el que se sitúa en la parte central.
El patio fue cubierto con nueva estructura, se dejaron los restos del claustro como elementos de museo, acondicionando las salas de la planta baja y semisótano para exposiciones y seis habitaciones en la planta alta aprovechando las zonas del cuerpo norte que aún están en pie.