En sus inicios, la ubicación del cenobio, junto al Hano, era la de un islote rodeado por las marismas.[3] En el siglo XVII el convento pasó por una importante reforma que hizo que actualmente la mayor parte de su arquitectura date de este siglo.Ya en el año 1808 se tiene constancia del alojamiento de soldados napoleónicos durante la invasión francesa.En 1835 el monasterio sufrió la desamortización de Mendizábal, y pasó a manos privadas.Allí está enterrada su hija Joaquina de la Pezuela.
