A diferencia de las Canarias (que cuenta con cabildos insulares desde 1912), las Islas Baleares no tuvieron órganos de administración local propios hasta mediados del siglo XX.
Tal y como hoy los conocemos, los consejos insulares son instituciones recientes, que nacieron impulsadas desde la isla de Menorca como una solución para evitar la concentración de poder en Mallorca, la isla más grande y poblada del archipiélago balear.
En el año 2007 dos hechos marcan una nueva etapa en la historia de los consejos insulares.
Por un lado, la reforma del Estatuto de Autonomía, que les otorga nuevas competencias y la capacidad de elaborar reglamentos, y que dispone que sus miembros sean elegidos en elecciones separadas a las del Parlamento autonómico.
Así, un sector los ha considerado entes locales y además instituciones de la comunidad autónoma sin perder la primera condición, mientras que otro ha defendido que tienen una doble naturaleza como órganos de gobierno de una entidad local y simultáneamente órganos autonómicos.
Así, por ejemplo, las competencias de urbanismo y ordenación del territorio se ejercen mediante comisiones insulares de urbanismo y ordenación del territorio.