En la práctica, fue controlada principalmente por liberales, que compartían con los comunistas la capacidad de mantener la disciplina entre sus dirigentes.
En 1954, un sector partidario del general Gustavo Rojas Pinilla se separó y fundó la Federación de Trabajadores Colombianos, pero con una influencia débil.
El sector liberal de la CTC se sentía hegemónico y decidió romper con los comunistas aprovechando el clima de anticomunismo que se había recrudecido como reacción a la revolución cubana[1].
Este suceso causó gran conmoción entre la sociedad colombiana y en las esferas internacionales, que expresaron su condena por tan repudiable procedimiento.
A finalizar el siglo XX e iniciar el presente siglo, perdura entre las bases de la CTC la influencia liberal y se mantiene como una de las principales fuerzas sindicales del país junto a la CUT y la CGT.