En bioquímica, complejo proteico es un grupo de dos o más proteínas.
Las proteínas en un complejo están enlazadas mediante enlaces no-covalentes (interacciones proteína-proteína).
Estas interacciones aumentan la actividad y la estabilidad de la misma enzima, debido principalmente a que disminuye la pérdida por difusión del producto intermediario y sustrato de la enzima vecina.
Muchos complejos se han estudiado en detalle, en particular en el organismo modelo Saccharomyces cerevisiae (una cepa de levadura).
Mediante ingeniería genética se han adaptado proteínas para que formen complejos estables.