Entre la vegetación sumergida se ha hallado Ruppia drepanensis , Zannichellia obtusifolia y Ranunculus peltatus , aunque en los últimos años ha estado constituida únicamente por Najas marina.La zonas más perturbadas, no colonizadas por vegetación emergente presentan especies halófitas como Suaeda splendens y Mesembryanthemum nodiflorum y es la única laguna de Cádiz en la que se ha encontrado colonizando los fangos a la pequeña anual Frankenia pulverulenta.Entre las especies sumergidas se han encontrado Chara galioides, Ranunculus peltatus, Callitriche truncata , Zannichellia obtusifolia, Ruppia drepanensis, Potamogeton pectinatus y Najas marina debido a la salinidad de sus aguas.En las zonas más altas hay rodales de Juncus maritimus, que se han desarrollado mucho últimamente por haberse protegido las orillas del pastoreo.Pero donde estos últimos alcanzan un mayor desarrollo es sin duda en el extremo este de la laguna.