Clínicamente son indiferenciables, cualquier organismo del MTBC es causante de la tuberculosis.
El complejo Mycobacterium tuberculosis (MTBC), a pesar de su diversidad extremadamente baja, muestra importantes diferencias biológicas entre cepas y linajes filogenéticos.
Los datos obtenidos con este método junto con los datos obtenidos en un análisis de genes diferencialmente expresados filogenéticamente (PDEG) sugiere que MAF (Mycobacterium africanum) y MTB (Mycobacterium tuberculosis) se separaron de un ancestro común, con una distancia genética relativamente corta (31% de varianza) , pero muchos genes cambiaron su expresión.
A medida que el MTBC divergió en los diferentes linajes, la expresión de genes patógenos clave y metabólicos también lo hizo, como resultado de mutaciones que introducen nuevas cajas TANNNT Pribnow y mutaciones que deterioran la función de los represores transcripcionales.
Esto lo podemos ver reflejado en que los diferentes clados MTBC tienen su propia firma transcriptómica.