[2]​ Esto se refleja en la aprobación o rechazo de las llamadas "licencias médicas", un mecanismo por el cual un trabajador con una condición de salud (enfermedad, embarazo u otro) recibe pago por parte del sistema previsional mientras recupera su condición para trabajar.

Fue creada en 1964 con funciones heredadas de las comisiones médicas del Servicio Nacional de Salud y del Servicio Médico Nacional de Empleados.

En enero de 2005 su dependencia fue traspasada a las autoridades sanitarias constituidas en las Secretarías Regionales Ministeriales de Salud.

[2]​ Como parte de la mejora de procesos para los usuarios, se han ido integrando varios avances a la gestión.

En 2006 se autorizó el uso de "licencias médicas electrónicas",[3]​ las que no necesitan ser llevadas físicamente a una oficina del COMPIN, sino que llegan electrónicamente.