La KNKT tiene su sede en el tercer piso del edificio del Ministerio de Transporte de Indonesia en Yakarta Central, Yakarta.

En 2000, poco después de su creación, la KNKT emitió un informe sobre el accidente del vuelo 185 de SilkAir, en el que murieron 104 personas, en el que se afirmaba que la agencia no logró determinar la causa del accidente.

La Junta Nacional de Seguridad del Transporte de los Estados Unidos (NTSB), que también había colaborado en la investigación del vuelo 185, informó a los investigadores de la KNKT que la causa del accidente fue el suicidio del piloto (en este caso el capitán) a través de una carta redactada y enviada el 11 de diciembre del mismo año.

[4]​[5]​ Sin embargo, el primer accidente de aviación investigado por la KNKT fue el vuelo 152 de Garuda Indonesia, en el que murieron 234 personas.

El informe del vuelo 152 se emitió en 2004 (tras haber sido obstaculizado por el accidente de SilkAir), en el que se afirmaba que la agencia había determinado que la causa del accidente del vuelo 152 fue un error del piloto al no razonar sobre su rumbo exacto y un error del control del tráfico aéreo al confundirse de órdenes entre dos aeronaves y darle el rumbo erróneo al vuelo 152 llevándolo directamente hacia la montaña.