Se encuentra subordinado políticamente al Alto Representante de la Unión para Asuntos Exteriores y Política de Seguridad y depende orgánicamente de la Secretaría General del Consejo.

El Presidente del CMUE es nombrado por un plazo de tres años por el pleno del Consejo a propuesta del propio Comité, y deberá tener rango de general de cuatro estrellas o equivalente.

Sus funciones son las de presidir e impulsar sus trabajos de manera estable y representarlo ante el Comité Político y de Seguridad y ante el propio Consejo.

También en este caso sus sesiones son presididas por el Presidente del CMUE.

El Comité Militar es un órgano con funciones esencialmente consultivas y, en menor medida, también directivas y de control: