Antes de producirse la escaramuza, los altos mandos colombianos discutieron sobre la estrategia a tomar en el conflicto amazónico, imponiéndose tomar Tarapacá por parte del General Efraín Rojas, en lugar de Leticia que era la impartida por el General Alfredo Vásquez Cobo.

[3]​ Tras concentrar en Belém do Pará los buques que conformarían el Destacamento Amazonas, se procedió a navegar hasta la población brasileña de San Antonio y de allí dividir la flota en dos: los buques Boyacá y Mosquera prosiguieron hacia Leticia, en tanto los buques Barranquilla, Córdova y Pichincha continúan por el río Putumayo seguidos por el Nariño como hospital naval; esta maniobra buscaba despistar a los mandos peruanos acerca de las verdaderas intenciones del ataque.

Al conjunto se habían unido seis hidroaviones al mando del Mayor Herbert Boy, en tanto el General Alfredo Vásquez Cobo se trasladó a bordo del Córdova para pedir la reunión con los cañoneros Cartagena y Santa Marta, lo cual no pudo darse debido a que el Destacamento Putumayo realizaba operaciones sobre la zona de Güeppí.

El emisario colombiano regresó sin respuesta escrita, pero con respuesta verbal: el Teniente Gonzalo Díaz manifestó que rechazaría por la fuerza cualquier intento de ocupación militar de Tarapacá.

[3]​ La toma de Tarapacá las tropas colombianas toman el control del bajo putumayo lo que daría una posición para operaciones posteriores, siendo más tarde con el enfrentamiento de Buenos Aires las tropas colombianas logran acercarse más a Leticia.