Tres años más tarde se creó el puerto franco y en 1864 las autoridades españolas permitieron el asentamiento libre de personas en la ciudad.

Cuatro años después se recuperaron los límites de 1860 mediante un tratado suscrito con Marruecos.

Hasta 1968 la comandancia estuvo subordinada a la Jefatura del Ejército Español en el Norte de África.

A partir de entonces, pasó a integrarse en la IX Región Militar y depender de la Capitanía General de Granada, hasta 1984, fecha en que la IX Región Militar desaparece y se fusiona con la II Región Militar.

Su cuartel general se encuentra situado en el centro de la ciudad.