En 1668 el Tratado de Lisboa firmado entre España y Portugal reconoció la soberanía española sobre Ceuta (bajo dominio portugués desde 1415).
Hasta 1968 la comandancia estuvo subordinada a la Jefatura del Ejército Español en el Norte de África.
Desde aquel año a 1997, cuando se creó la Zona Militar de Ceuta, formó parte de la II Región Militar.
Su cuartel general se encuentra en el Acuartelamiento «Foso Almina», situado en el centro de la ciudad.
La Comandancia General de Ceuta cuenta con las siguientes unidades: