Fue creado por la Compañía de Jesús, quienes regresaron al país en 1872 a solicitud del entonces vicario apostólico de Montevideo Jacinto Vera con el fin de crear una institución enfocada en la formación del clero y la enseñanza en la ciudad.
A pesar de su denominación oficial, e incluso tras su cambio de denominación en 1899, cuando pasó a llamarse Colegio del Sagrado Corazón, continuó siendo llamado de forma coloquial como Colegio Seminario.
En 2010, volvió a ser denominado oficialmente con el nombre de Colegio Seminario.
Numerosos políticos, expresidentes y personalidades relevantes del país fueron alumnos del Colegio, como el Expresidente de la República Luis Alberto Lacalle, los exvicepresidentes de la República Gonzalo Aguirre y Rodolfo Nin Novoa y los senadores Germán Araújo, Carlos Baráibar, Daniel Martínez, Enrique Rubio, Alfredo Solari, Francisco Gallinal, entre otros.
La institución cuenta con educación inicial, primaria y secundaria completas.