Y como no estaba a favor y la protección del virrey Antonio de Mendoza, que tomaría el cargo de virrey del Perú, los nuevos pobladores promovieron ante la corona varias peticiones: 4ta.
Que se den a la ciudad tributos o dinero de la caja real para ayudar al colegio que "se ha propuesto y comenzado a fundar", "do hay preceptores".
Sin esperar respuesta, los vecinos de Guayangareo insistieron en una carta con ocho peticiones al emperador.
Que los preceptores del colegio sean pagados por la corona.
La institución ya rebasaba el nivel de escuela de primeras letras, además su similitud con el Colegio de San Nicolás fundado por Vasco de Quiroga debido a que ambas instituciones no solo estaban destinadas a españoles sino también a mestizos e indios.