La historia del establecimiento se inicia en 1859, con la llegada de los padres jesuitas Teodoro Schwerter y Bernardo Engbert acompañados del hermano José Schörber a la naciente ciudad de Puerto Montt.

En un primer momento se realizaron clases particulares en la casa de la comunidad jesuita, para luego crear formalmente la Escuela San José, que brindaba educación en diversas asignaturas esenciales para esos años.

[3]​ Durante el siglo XX el colegio amplió su infraestructura: construyó nuevas instalaciones, entre las que se cuenta el gimnasio que sería utilizado como refugio para damnificados durante el terremoto de 1960, y adquirió la isla Chinquío.

[cita requerida] Debido a su historia, varios edificios que han tenido su origen en la infraestructura del establecimiento han terminado formando parte del patrimonio arquitectónico de la ciudad de Puerto Montt.

A enero de 2017 son tres inmuebles históricos los que se conservan: