Después de 1000 d. C., la ciudad perdió importancia política, aunque parece haber conservado su importancia simbólica y ritual, que le permitieron recuperar cierta jerarquía entre 1200 y 1500, cuando se construyeron diversos edificios, ya dentro del estilo costa oriental.
Sin embargo, las dinámicas económicas de esos tiempos parecen haber estado fundamentalmente centradas en los sitios costeros, por lo que Cobá habría subsistido como una ciudad de segundo orden, aunque, en ese sentido, más exitosa que su efímero vencedor, Chichén Itzá.
1550), Cobá se encontraba totalmente deshabitado, y no es sino hasta la llegada de los célebres viajeros John Lloyd Stephens y Frederick Catherwood, hacia mediados del siglo XIX, que la ciudad vuelve a ser mencionada en los libros de historia.
Si bien es cierto que la ciudad nunca quedó en el olvido, la mayor parte de los estudios arqueológicos de la zona no se realizaron sino hasta principios del siglo XX, por la dificultad que imponía la selva para llegar al lugar.
[1] Esta construcción fue erigida en diferentes etapas constructivas, evidenciando la destreza arquitectónica de la antigua civilización que habitó la región.
Este monumento, que ha captado la atención de arqueólogos y visitantes por igual, constituye un valioso patrimonio histórico para la humanidad.