Además, logró llegar a la final de la Copa Isidro Corbinos 1970, donde perdió contra San Antonio Unido Portuario.

Coquimbo se vio obligado a afrontar el año 1975 disputando partidos amistosos contra equipos amateur de la zona.

[9]​ Para la temporada 1978, con el retorno a la máxima categoría, Coquimbo inició el torneo siendo entrenado por Sasha Mitjaew, sin embargo, la escuadra pirata no pudo conseguir victorias durante las primeras 10 fechas.

Posteriormente, con el ascenso ya asegurado, Coquimbo Unido enfrentó una definición por el título del torneo contra Provincial Osorno, empatando 0-0 como local y cayendo por 1-0 como visita.

En dicho torneo compartió grupo con los albos, Universidad Católica, San Lorenzo y Newell's Old Boys, quedando últimos con tres puntos.

Ese plantel estaba conformado por Pedro González, Cristián Olguín, Orlando Mondaca, los argentinos Víctor Hugo Amatti, Rubén Tanucci, Roberto Corro y el brasileño Ronaldo Moraes, entre otros.

[17]​ En 1999, el equipo coquimbano realizó otra irregular campaña, donde pasaron tres entrenadores por el banco pirata durante ese año: Ángel Celoria, Manuel Rodríguez Araneda y Fernando Cavalleri.

[31]​ Sin embargo, para el Clausura 2005 los aurinegros no pudieron repetir el buen rendimiento, quedando últimos del torneo, sin posibilidades de acceder a play-offs y con el técnico Raúl Toro renunciando al club tras la derrota contra Huachipato en la fecha 16.

[32]​ En 2006, Coquimbo Unido inició la temporada siendo dirigido por Jorge Díaz,[33]​ terminando el Torneo de Apertura clasificar a play-offs, al acumular tres victorias, ocho empates y siete derrotas.

[39]​ Para el 2009, el equipo dirigido por Víctor Milanese Comisso buscaba tomarse revancha de las derrotas en instancias finales del año anterior.

Al año siguiente, Coquimbo no realizó una buena campaña en Primera B, sumando tres derrotas seguidas en el inicio de torneo.

[50]​ Finalmente, los aurinegros son derrotado por San Luis de Quillota en penales en la Liguilla por el segundo ascenso, por lo que se mantuvieron una temporada más en Primera B.

[52]​ [53]​ Víctor Hugo Castañeda asumió el cargo y Coquimbo se mantuvo en dicha posición, solo con el descendido Lota Schwager debajo del equipo en la tabla.

Durante la temporada 2015-16, Coquimbo Unido estuvo las primeras 17 jornadas del torneo sin ganar, lo que le costó estar peleando el descenso hasta el último momento.

Los visitantes anotaron el primer gol a los 9 minutos, mientras que los aurinegros no pudieron empatar hasta los 90+2', cuando Rodrigo Holgado vía lanzamiento penal marcó el 1-1 final.

[69]​ Además, se anunció que Patricio Graff continuaría como DT, y también las incorporaciones de importantes futbolistas como: Rubén Farfán, Jonathan Benítez, Diego Oyarzún, Fernando Cornejo, Jean Paul Pineda, Nicolás Berardo, John Salas, Cristián Canío, entre otros.

Su último partido de esta temporada ocurrió en la fecha 24, cuando la Unión Española los venció por 3-1; puesto que el campeonato no finalizó debido al Estallido social.

En tanto, en el duelo de vuelta, Defensa y Justicia se impuso por 4-2, poniendo fin a una histórica campaña para los Piratas, liderados por el DT Juan José Ribera.

[78]​A su vez, Coquimbo vuelve a sorprender tras anunciar la contratación de Esteban Paredes, Jean Beausejour y Carlos Carmona, mundialistas con la selección chilena.

En la segunda ronda jugó ante Deportes Antofagasta y tras empatar en la ida 0-0 como visitante, los piratas ganaron por la mínima en el Sánchez Rumoroso, accediendo a octavos de final.

Hasta ese momento los aurinegros no habían recibido goles en toda la competencia y además, al avanzar a semifinales, se convertía en su mejor participación histórica en Copa Chile.

En la fecha 16, con el regreso del público a los estadios, Coquimbo Unido se impuso de local contra Deportes Iquique por 3-1.

Ya en la penúltima jornada, recibe a Unión San Felipe jugando en simultáneo con Santiago Morning, equipo que también peleaba por el ascenso.

El equipo local se adelantó en el minuto 38, pero Coquimbo Unido reaccionó, dando vuelta al marcador con goles de Esteban Paredes (75') y Leandro Garate (90+2').

Terminaron la primera rueda de mala manera, ya que en las últimas 3 fechas recibieron 3 goleadas, cayendo ante Colo-Colo (0-4), Unión Española (2-4) y Curicó Unido (0-3).

Sin embargo, en el siguiente encuentro consiguió una esperanzadora victoria de visita ante Huachipato por 0-1, logrando su primer triunfo como forastero en todo el campeonato.

[92]​ Para la siguiente fecha, Coquimbo Unido enfrentó a Colo-Colo en el Francisco Sánchez Rumoroso, con los albos llevándose la victoria y además consagrándose campeones del torneo.

En la jornada decisiva, Coquimbo recibió a Curicó, Antofagasta haría lo propio ante la Universidad Católica y La Serena visitó al Audax Italiano.

Sin embargo, un irregular arranque de la segunda parte del año, no consiguiendo un triunfo en 7 fechas (desde la 17 hasta la 23), provocó que fuera relegado al 8° lugar.

Finalmente, tras reafirmarse en las últimas 7 jornadas, el barbón sumó 47 puntos, finalizando el torneo en la 5ª posición, producto de 14 victorias, 5 empates y 11 derrotas, lo que le valió clasificar por segunda vez en su historia a la Copa Sudamericana.