Actualmente participa en la Liga Mayor Francisco Morazán, la tercera división de Honduras.

En los últimos años el club habia pasado una tremenda crisis financiera por falta de patrocinadores y afición.

Entre las ciudades en las cuales la Universidad ha probado suerte se encuentran: Danlí, Siguatepeque, y últimamente a Choluteca, ciudad en la cual tuvo que modificar su nombre por el de Broncos UNAH, con el que finalmente descendió.

Con este resultado, el equipo universitario cerró el ciclo más pobre que jamás haya realizado, desde su fundación en 1948.

Antes de este relego a la segunda división, la Universidad había descendido en tres otras oportunidades: 1981, 1985 y 1988.