Por sus filas pasaron algunos jugadores que luego estuvieron con la Real Sociedad en primera división durante los años 40 y 50.
Con posterioridad, a principios de los 50, la Real crearía un equipo filial propio (el San Sebastián CF) y el Vasconia dejaría de desempeñar ese papel.
Actualmente su nombre oficial es Club Deportivo Vasconia de Donostia.
De cara a la temporada 2007-08 el CD Vasconia firmó un convenio con la Universidad del País Vasco (equipo que había descendido ese año de la Tercera división española a la Regional Preferente Guipuzcoana), de tal forma que el club universitario funcionaría como equipo sénior del Vasconia.
El equipo surgido fruto de este convenio se denominó UPV-Vasconia y jugó durante tres temporadas en la máxima categoría del fútbol guipuzcoano (en las temporadas 2007-08 y 2008-09 en la Regional Preferente y la temporada 2009-10 en la nueva categoría División de Honor).