de Oblitas acabó último con 10 puntos, en el Clausura debía hacer 44 puntos para salvarse de la baja, e hicieron 47 con lo que se salvaron en el último partido del año al ganarle 0-1 a Unión Huaral en su estadio, teniendo como técnico al argentino Oscar Malbernat.

Terminaron segundos del Clausura, pero no les sirvió para clasificar a algún torneo internacional, pues en el acumulado estuvieron muy relegados.

En el Torneo Apertura 2005 acabaron séptimos luego de un mal arranque, pero la remontada no sirvió para llegar a puestos de honor, cosa que si pasó en el Clausura al quedar segundos, clasificando a la Copa Sudamericana 2006.

Perdió 1-0 en Tacna, pero en el Monumental ante 3000 alumnos de la Universidad, ganó 3-2, siendo su primer triunfo en un torneo continental, pero no pudo pasar a la siguiente fase.

Este título le permitió a la Universidad San Martín participar en la Copa Libertadores 2008.

[15]​ En su primera participación en la Copa Libertadores 2008 el equipo debutó con un triunfo sorpresivo contra River Plate por 2-0 que contaba con Ariel Ortega como una de sus figuras, sin embargo perdería los siguientes duelos con la Universidad Católica en Lima por 1-0 y con el América en México por 3-1.

En Lima le ganó a las águilas por 1-0 con gol magnífico del uruguayo Mario Leguizamon, pero se despedirira con derrota sobre la Universidad Católica en Chile por 1-0 faltando cinco minutos para finalizar el partido.

[16]​ En el Campeonato Descentralizado 2010 vuelve a consagrarse como campeón, tras derrotar en la final al León de Huánuco.

De ahí en adelante el equipo santo tuvo una campaña aceptable clasificando a la Copa Sudamericana 2012.

Durante los torneos del 2016 al 2018 el club desempeñó campañas irregulares, logrando la undécima posición.

Sin embargo, en la última fecha el club perdió la categoría tras caer de forma contundente 4-0 frente a UTC, ocupando la decimoséptima posición.

A pesar de ello, San Martín y Deportivo Binacional presentaron una queja ante el TAS al verse como terceros afectados en el juicio que estaba dándose en ese momento del Cienciano contra Cusco FC.

[20]​ Sin embargo, debido a esta resolución, para enfrentar la Liga 1 2022, USMP no realizó pretemporada y contrató jugadores tardíamente.

Esperando cumplir el objetivo del ascenso, sin embargo esto nunca paso, a lo contrario, tras quedar entre los tres últimos lugares de la Zona Sur en la Liga 2, tuvieron que disputar el Grupo Descenso para evitar descender a la nueva Liga 3.

En su historia ya tiene seis participaciones internacionales oficiales, tres Copas Sudamericanas versión 2006, 2010 y 2012.

En la Copa Sudamericana 2006 fue eliminado en la fase preliminar Chile-Perú en su debut histórico perdió 1-0 ante el Coronel Bolognesi FC.

Su digna participación en el torneo internacional terminó cuando le tocó enfrentar al mejor primer puesto clasificado para los octavos de final, Grêmio de Porto Alegre, que nunca había sido eliminado en esa instancia del torneo.

Clasificando a la Copa Sudamericana 2010, se enfrenta de visita al Deportivo Quito perdiendo el encuentro por 3-2.

En la Copa Libertadores 2011, por el Grupo 1, obtuvo su primer triunfo de visitante en competiciones internacionales tras derrotar en Manizales por 0-3 al Once Caldas, equipo que, a su vez, nunca había perdido de local jugando Copa Libertadores.

Los siguientes resultados fueron negativos y el equipo acabó en la tercera posición del Grupo 1, eliminado con solo 6 puntos.

Libertadores 2011 Torneo del Inca 2014 Descentralizado 2014 Liga 2 2024 Nota: en negrita competiciones vigentes en la actualidad.

La mayoría de jugadores llegan a formar parte del plantel primer equipo profesional.

En el mismo año, la institución forma un equipo principal y se afilia en la Segunda División Distrital de San Isidro.