Toma su nombre del barrio Peñarol, ubicado al noroeste de la ciudad.

En su primer año lograron el segundo lugar en la Copa de Plata cayendo por 3-1 ante UdelaR.

[3]​ Volvió a participar en la temporada siguiente, donde se clasificaron para disputar la Copa Oro, cayendo en cuartos de final por goleada 7-1 ante Colón.

[8]​ En 2016 se retorna a la actividad, compitiendo en el Campeonato Uruguayo del mismo año.

En el año 2023 las Carboneras vuelven a ganar el título del Campeonato Uruguayo tras conorarse ganando tres finales consecutivas ante Nacional, logrando vencer a su tradicional adversario en cuatro ocasiones consecutivas en un plazo de 28 días.