En el año 2005 se desafilia de la AUF y retorna en 2009 obteniendo el tercer puesto en la tabla anual.

[4]​ A su vez, la jugadora de Nacional Mariana Pion fue distinguida con el premio Charrúa en las ediciones 2010-2011 y 2011 como la mejor futbolista del país.

En el año 2003 Stefanía Teresa Maggiolini fue la principal artillera alba en el Campeonato Uruguayo con diecisiete conversiones.

[11]​ Los goles fueron convertidos por Carolina Birizamberri (3), Martina González, Federica Silvera, Sabrina Soravilla, y Paola Medina.

[14]​ En 6 partidos disputados en las dos primeras ediciones, sólo logró un empate (ante Gerimex Santa Cruz de Bolivia).

Posteriormente Nacional debió esperar hasta la edición 2016 jugada en Uruguay para regresar a la Copa Libertadores, esta vez clasificando como vicecampeón (ocupó la plaza extra para el país anfitrión).

En el año 2021 las bolsilludas tuvieron la mejor participación de un club uruguayo en la Copa Libertadores Femenina.

Quedaron en el camino al perder en semifinal con Corinthians quien terminó coronándose campeón de la Copa Libertadores Femenina.

Las bolsilludas contaron en sus filas con la goleadora del certamen (premio compartido) Esperanza Pizarro y la máxima asistidora Karol Bermúdez.