Enemistada mortalmente Fredegunda con Brunegilda y su hijo Childeberto II de Austrasia, se apoyó en los señores neustrianos y llamó a su cuñado Gontrán I, que controlaba el reino franco de Borgoña.
Se desató la guerra contra Austrasia, que mientras vivió la implacable Fredegunda resultó favorable.
Es entonces cuando Clotario II consigue por la diplomacia lo que no había podido lograr por las armas.
Hasta su muerte ocurrida en el año 629, Clotario II gobierna un país franco unificado, pacificado, pero con sordas luchas de influencia entre el poder central y sus leudes, que no había podido domesticar, necesitando numerosos administradores para un reino tan grande.
A su muerte, le sucede su hijo Dagoberto I, último gran rey merovingio, quien con sus acciones logrará retrasar la decadencia de la dinastía durante unos pocos años más.