Posteriormente en el año 1999 fue nombrado como prefecto de la región Pasco por el gobierno de Alberto Fujimori, ejerciendo el cargo hasta la caída del fujimorismo en el año 2000.

Postuló nuevamente a la alcaldía de Paucartambo en 2002 y en 2006.

Finalmente en el año 2010, Clayton Galván es elegido como alcalde del distrito de Paucartambo para el periodo 2011-2014, como miembro del partido político Sí Cumple.

En las elecciones del 2014 intentó su elección como alcalde de Cerro de Pasco sin éxito, como miembro del partido Fuerza Popular liderado por Keiko Fujimori.

[2]​ En las elecciones parlamentarias del 2016 postuló al Congreso de la República por el partido Fuerza Popular por la circunscripción de Pasco y logró tener éxito, siendo elegido como congresista de la república por Pasco para periodo parlamentario 2016-2021.