Desde que puede haber varios objetos de la base de datos correspondiendo a una única sustituta, no se puede utilizar la sustituta como clave primaria; necesitando otro atributo a añadir a la sustituta para identificar de forma única cada objeto.
También es posible que una clave sustituta exista como adición a una UUID generada por la base de datos.
La distribución no-redundante de claves causa que el índice en árbol-B esté completamente balanceado.
Toda clave foránea debe unirse para ver la información del ítem relacionado.
Esto puede complicar la auditoría ya que la información incorrecta no es obvia.
Las claves sustitutas no son naturales para la información que se exporta y comparte.
El índice único sirve para dos propósitos: (1) para aumentar la integridad de la entidad, ya que la clave primaria debe ser única en todas las filas y (2) para buscar rápidamente filas cuando se realiza una consulta.
Desde que las claves sustitutas reemplazan a los atributos identificativos de una tabla—la clave natural—y desde que los atributos identificativos son los que van a ser consultados, el optimizador de consultas se ve forzado a realizar escaneos de tablas completas para rellenar las consultas.
Es parte de la implementación asegurar que esos duplicados no tengan lugar.
La información propietaria podría filtrarse si se utilizan generadores de claves secuenciales.
Esto podría exponer, por ejemplo, el número de transacciones o nuevas cuentas por periodo.
Si la cronología es importante, entonces deberían registrarse por separado la fecha y la hora.