Sin embargo, la casa no reunía las condiciones necesarias para ser Universidad pues era de bahareque y paja.
Por ello, se decide hacer un nuevo edificio bajo la dirección de fray Gregorio Agustín Salgado.
En 1828 se da la Conspiración Septembrina contra Simón Bolívar, y el edificio es ocupado por el Batallón Vargas, fiel al Libertador.
Desde 2017 el Claustro San Agustín es sede del Instituto Colombo-Alemán para la Paz (CAPAZ).
Se las emprendió para detener los daños ocasionados por agentes naturales en los elementos vulnerables.