La fase de clasificación para el Campeonato FIBA África 2009 reparte 11 cupos para el torneo, divididos en las 7 Zonas en la que está dividida FIBA África, en esta fase participan los 49 equipos restantes afiliados.
Los cupos para esta edición corresponde de la siguiente manera: ¹ Organizador del torneo.
¹ Calificado automáticamente.
² No Participó.
² No participó.