Tras su muerte, luchas internas estallaron entre los otros príncipes ayubíes y si bien Damasco cambio de manos varias veces, la ciudadela fue tomada a la fuerza solo una vez en 1239.

Con excepción de breves períodos en 1300 y 1401, cuando los mongoles conquistaron Damasco, los mamelucos controlaron la ciudadela hasta 1516.

Damasco se rindió sin pelear y, a partir del siglo XVII hacia adelante, la ciudadela funcionó como cuarteles para los jenízaros, las unidades de infantería otomanas.

La ciudadela comenzó a caer en el abandono en el siglo XIX y su último uso militar tuvo lugar en 1925, cuando soldados franceses bombardearon el casco antiguo de la ciudadela en respuesta a la Revolución siria contra el Mandato Francés de Siria.

La ciudadela actual data principalmente del período ayubí, aunque incorpora secciones de la antigua fortaleza selyúcida.