Hoy, sin embargo, se encuentra alejado de la Primera División del fútbol peruano y participa en la Copa Perú.
Sus primeras actividades se limitaron a la práctica del ciclismo y luego al béisbol, hasta el año 1927, en que se produjo su fusión con el Association Football Club, que había sido fundado en 1897 y era el club peruano más antiguo de los creados exclusivamente para el fútbol.
El conjunto partió con grandes ilusiones el 21 de abril rumbo a Guayaquil en la nave Santa Inés.
Prontamente se vio varado: la nueva dirigencia de la Federación desconoció el permiso otorgado por la administración anterior, por lo que Ciclista quedaba descalificado para jugar fuera del Perú.
La delegación consiguió, sin embargo, jugar ante el Roca Fuerte de Guayaquil y ante un combinado local: ambos partidos los ganaron con holgura.
Ciclista llegó a Cali, donde no encontró dificultades para disputar algunos encuentros, aunque en condiciones poco ventajosas: por ejemplo, que el 60% de la taquilla fue para los jugadores.
Ante los pocos éxitos económicos, el club decidió solventarse a manera de "circo", recorriendo pueblo por pueblo y llegando a los lugares más remotos: Cartago, Palmira, Manizales, Buga, Pereira, etcétera: todos fueron testigos del paso de Ciclista Lima.
Estos fueron recuperados tras una fructífera taquilla lograda en Santa Marta ante el campeón colombiano Deportivo Samarios, empatando el primer encuentro y ganando el segundo.
En Caracas se invitó al presidente venezolano, el general Juan Vicente Gómez, a uno de los cotejos.
Al conocer las dificultades económicas de los peruanos, les obsequió 30 mil bolívares y cubrió sus gastos en el territorio venezolano.
Nuevamente volvería a descender en 1948 y gracias al trabajo de sus dirigentes de turno retornó a la categoría privilegiada en 1950, descollando algunos jugadores como Juan Emilio Salinas y Miguel Loayza, "el maestrito", que pronto fue vendido para jugar en Argentina.
En el año 1991, se fusiona con el Club Defensor Kiwi, consiguiendo así participar en Segunda Profesional con el nombre de Defensor Kiwi-Ciclista Lima, torneo en el que se alzó con el título en 1993 y retornó á Primera División, convirtiéndose en gran animador del Torneo Apertura con que inició el campeonato profesional de 1994, siendo subcampeón de ese torneo y clasificando a la Copa Conmebol del año siguiente,[9] torneo en el que fue eliminado en primera ronda por el Cobreloa de Chile.
El año 1996 sería el final de esta tradicional institución al descender por última vez.
El año 1997 desciende de Segunda a su liga originaria, pero no se presenta más.
Sin embargo perdió la categoría y retornó a la Tercera División Chorrillos donde jugará en la temporada 2013.
Durante la campaña 2014, el Ciclista Lima Association logró ser campeón de la Serie B participando en la liguilla final por un cupo para el ascenso.
El decano continua con su pretemporada y participando en varios partidos amistosos contra otros equipos de la capital.
Se anunció al señor Leo Segovia como nuevo presidente del club decano y a la empresa New Athletic como patrocinador oficial.
Luego, consiguió su primer triunfo 1-0 frente al Deportivo RG Junior, en la segunda fecha del campeonato.
En la última fecha gana por 1-0 al Inter JC y se consagra subcampeón de la serie A.
Finalmente, en la última fecha[16] el club tallarinero empata y termina sexto en la serie A.
[17] A pesar de ello, el registro público N° 02298112 que pertenece al equipo original Club Ciclista Lima Association se mantiene vigente.
Este club participa desde varias temporadas en la Liga Distrital de San Isidro hasta la actualidad.
Se debe entender que este club es diferente al equipo tradicional Ciclista Lima Association, tanto como el diseño de la insignia y la indumentaria.
El Club Juventud Ciclista Lima, a pesar del nombre no tiene relación con el decano.