Luego de una carrera militar hasta 1852, se decide a dedicarse a la Historia natural, habiéndose dado la baja del Ejército como 1.er.

En 1861, publica sus observaciones de insectos y de vertebrados en Bidrag til Kundskab om Brasiliens Padder og Krybdyr, con Johannes Theodor Reinhardt (1816-1882).

Obtienee un puesto en la "École polytechnique" en 1877, y, cuatro años más tarde deja la universidad.

En 1885, sucede a Steenstrup en la silla de zoología.

La abreviatura Lutken se emplea para indicar a Christian Frederik Lütken como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.