Anteriormente, este taxón y los demás del complejo, eran considerados subespecies de Chelonoidis nigra, pero nuevos estudios permitieron separarlos como especies plenas.[1][2][3] Garman, en el año 1917, sinonimizó a C. nigra ephippium Günther 1875; por ello fue resucitado el nomen nudum anterior para el taxón: duncanensis.Desde 1965, se han llevado huevos a la Estación Científica Charles Darwin para su incubación y cría.Aunque esta especie fue relativamente poco perturbada por los balleneros, gran número de ejemplares fueron retirados por expediciones en la segunda mitad del siglo XIX y principios del XX.Las islas Galápagos fueron declaradas parque nacional en 1959, protegiendo así el 97,5% de la superficie terrestre del archipiélago.
