Al llegar a Estados Unidos presentó un artículo sobre la nueva especie, que fue bautizada en honor de Alexander Wilson.

Tuvo ocho hijos: Bonaparte se dedicó entonces a actualizar la obra de Wilson American Ornithology.

Visitó Alemania, donde conoció a Philipp Jakob Cretzschmar, e Inglaterra, donde conoció a John Edward Gray en el Museo Británico y renovó su amistad con Audubon.

Entre 1832 y 1841 Bonaparte publicó su obra sobre los animales de Italia, Iconografía della Fauna Italica.

Se exilió en 1849, a causa de su implicación en un movimiento pronacionalista, y murió en París.