Cretzschmar nació en Sulzbach y estudió medicina en la Universidad de Wurzburgo.

Dio clases de anatomía y zoología en el Senckenberg Medical Institute de Fráncfort.

Cretzschmar fue el fundador y segundo director de la Senckenberg Natural History Society en 1817.

El "Atlas of Rüppell's Travels in Northern Africa" (1826–30) que incluye una sección ornitológica donde Cretzschmar describió alrededor de treinta nuevas especies, incluyendo el lorito de Meyer, Neotis nuba, la garza goliat, Scotocerca inquieta y el escribano ceniciento.

La abreviatura Cretzschmar se emplea para indicar a Philipp Jakob Cretzschmar como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.