Asistió al Bellarmine College y se graduó con un bachillerato en contabilidad.

Desde su ordenación en 1987 hasta 1990, se desempeñó como pastor asociado en la Catedral de San José en Bardstown, Kentucky y como capellán en la Escuela Secundaria Bethlehem.

En 1992 reanudó su trabajo a tiempo parcial como pastor asociado en San Francisco de Asís en Louisville.

[1]​ En junio de 2019, el arzobispo Thompson solicitó a dos escuelas secundarias católicas de su arquidiócesis que no renovaran los contratos con los maestros que habían contraído matrimonio civil entre personas del mismo sexo.

El maestro Brebeuf que fue despedido demandó a la arquidiócesis por daños y perjuicios.