Soñaba con entrar en la Academia, lo que finalmente logró hacer a los 15 años, patrocinado por el Capitán Sulu (Temporada 2 capítulo 9 "Tatuaje").
Durante su tiempo como rebelde contra los cardasianos, Chakotay reclutó para su célula maquis a la híbrido humano-klingon B'Elanna Torres, que se convirtió en su jefe de ingeniería.
Asimismo reclutó a Tuvok un vulcano quien también resultó ser un elemento infiltrado, pero de la Flota estelar.
En una línea de tiempo alternativa, vista en la capítulo final "Fin del Juego", Siete y Chakotay se casan, pero ella muere antes de que la Voyager llegue a casa y Chakotay fallece en 2394 atormentado por su perdida.
Tiene un alter ego espiritual llamado su "animal guía" al que consulta en meditaciones inducidas.
A todos los integrantes del contingente Maquis en la Voyager, incluido Chakotay, se les dio plena amnistía para todos los crímenes que pudieran haber cometido, Tom Paris se convierte en el primer oficial de Chakotay.
Robert Beltran critica cada elemento de la franquicia, comenzando por el odio a los trekkies, pasando los guiones, la tecnocháchara, y llegando hasta la Serie Original, arremetiendo contra William Shatner.