El Centro Vitoria se llama “Fray Francisco de Vitoria”, en honor al ilustre fraile dominico quien vivió en el Siglo de Oro Español, y quien es considerado en el mundo Iberoamericano como el pionero del Derecho Internacional Público.
La represión que se había generado en El Salvador contra las defensoras y defensores de los derechos humanos; en vísperas del martirio Monseñor Oscar Arnulfo Romero, Arzobispo de San Salvador en 1980, obligó al Socorro Jurídico Cristiano (SJC), a trasladarse a la Ciudad de México e instalarse al poco tiempo en el Centro Universitario Cultural (CUC).
En ese entonces el trabajo de SJC era dar apoyo asistencial a las personas refugiadas centroamericanas, particularmente salvadoreños.
Con este ejemplo varios frailes se sintieron motivados a abordar problemáticas nacionales sobre las violaciones a los derechos humanos en México y en 1984 fundaron el Centro de Derechos Humanos “Fray Francisco de Vitoria O.P” A.C.
Pese a que en otros países de América Latina la Iglesia Católica contó previo a esos años con organizaciones relacionadas con la defensa de los derechos humanos, en México fue el CDHVitoria pionero en hacerlo desde la inspiración del catolicismo.