Ha contribuido a la filosofía con el concepto de ontología plástica, situada en la línea del deconstructivismo de Derrida, con quien escribió Voyager avec Jacques Derrida - La Contre-allée (1999), donde cuentan la relación entre viaje y destino, hecho y verdad, en el contexto de que todo lo que ocurre deriva.
Malabou se sumerge en el campo neurocientífico con la máxima: "Los hombres hacen su propio cerebro pero no lo saben".
Explora la plasticidad neuronal, la personalidad, la libertad, conceptos clave de esta obra que Malabou relaciona poderosamente con la sociopolítica.
Fundamental para entender el pensamiento deconstruccionista es La Plasticité au soir de l’écriture : Dialectique, destruction, déconstruction (2005) a Derrida, Hegel y Heidegger.
Su última publicación, Sois mon corps (2010), escrita con Judit Butler, ofrece una lectura contemporánea sobre la dialéctica de la dominación y la servitud hegeliana en relación con el cuerpo y su delegación o negación.