La iglesia original de San Fernando Rey fue construida entre 1738 y 1750.
[1][2] De esta época data la pila bautismal que todavía se encuentra en uso.
Los restos de los defensores del El Álamo en 1836 se encuentran en esta catedral.
En 1868, incorporado San Antonio al Estado de Texas, la catedral se reformó y amplió considerablemente en estilo neogótico, las estaciones de la cruz talladas en piedra se añadieron en 1874.
Una lápida de mármol conmemora el acontecimiento.