La iglesia catedral tiene una estructura de tres naves con cuatro tramos, y en su interior se encuentra entre otros el mausoleo de Marcelino Menéndez Pelayo, obra del escultor Victorio Macho.Además, aquí se encuentran los restos de los Santos Mártires (San Emeterio y San Celedonio) que según cuenta la tradición llegaron a Portus Victoriae (la antigua Santander romana) en barco.Sus cráneos fueron traídos por los que huían del dominio musulmán de la península ibérica.Sufrió considerables desperfectos con motivo de la explosión de la dinamita del vapor Cabo Machichaco en 1893; tras sobrevivir a la guerra civil española, sufrió en 1941 las consecuencias del incendio de Santander, quedando seriamente dañada y haciendo necesaria una reconstrucción y ampliación entre los años 1942 y 1953, cuando fue inaugurada; los arquitectos encargados de tal tarea fueron José Manuel Bringas y Juan José Resines del Castillo.La reconstrucción llevada a cabo sobre las partes afectadas permite hoy contemplar en todo su valor las destacadas cualidades arquitectónicas del monumento original.El templo superior, conocido hoy como la Basílica de Santander, se construyó a mediados del siglo XIII y su cabecera cuenta con tres capillas poligonales.Toda la estructura de arcos soporta el peso del piso superior, por lo que tiene un grosor y robustez considerable.En el flanco sur hay una tribuna decorada con un fresco del pintor José Cataluña Miralles.Las bóvedas son de crucería simple, cuya esbeltez se acusa por la luz que penetra por las ventanas del claristorio en la más amplia y alta nave central.La antigua colegiata constaba de tres naves, a las que se ha incorporado una cuarta antes ocupada por los Palacios del Abad y otras capillas.
Aspecto de la nave central de la catedral
Acceso a la iglesia baja
Bustos-relicarios de los santos mártires Emeterio y Celedonio, en la iglesia baja del Santísimo Cristo, o cripta del Cristo
