Posteriormente fue entregada a la Orden de Santiago.
En el 1577 se volvió sede de la Diócesis Episcopal del Algarve, unos años más tarde (1596) fue saqueada y quemada por las tropas británicas del conde de Essex.
Reconstruida después del terremoto de 1722 y 1755 y aun así se realizaron otras obras.
(El campanario inacabado señala la vida atribulada de este edificio.)
Se destaca, en el interior, los conjuntos de talla en madera y el órgano, en el exterior hay que señalar las excelentes vistas sobre la ciudad y la ría, que es posible tener en la parte superior de la torre del campanario.