Es en esta iglesia que el cardenal primado preside los principales actos litúrgicos de su cátedra.
Uno de los monumentos barrocos más importantes del centro histórico de San Salvador, con majestuosas proporciones y espléndida obra de talla en los altares.
Así, en 1551, ya algunas construcciones daban forma al colegio y a la iglesia, todos en tapial, material que pronto estuvo en ruinas, siendo varias veces reconstruida.
Le correspondió a Mem de Sá la construcción de un templo en mampostería, que fue inaugurado y consagrado en 1572.
Las campanas procedían de Portugal en 1581 y sólo cuatro años más tarde fue finalmente completado.