Las criptas como tales funcionaron legalmente hasta el año 1810, llegando a albergar un total de 25.000 cuerpos, si bien mantuvo inhumaciones hasta mediados del siglo XIX.

El área total de estas criptas no se ha llegado a determinar aún y se cree posible que exista una comunicación entre sus galerías con el Palacio de Gobierno y la cercana estación de Desamparados e incluso, el puerto del Callao.

Después de esa fecha, en que parte del templo se derrumbó por fallas en la construcción original, se reestructuró, abriendo los cimientos de la Iglesia.

[1]​ Recientemente en el año 2008 se descubrió nuevos pasajes y callejones secretos en la Iglesia de Santa Ana.

Las catacumbas de San Francisco permanecieron clausuradas hasta el siglo XX, cuando, hacia 1947, se consiguió el acceso a pasajes y galerías obstruidos, para efectuar trabajos de excavaciones, limpieza e instalaciones de luz; tres años después en 1950 las catacumbas quedaron abiertas al público.

Hay cinco pozos sísmicos que son osarios a la vez.

En la cripta de los Venerables, Fray Juan Gómez, inmortalizado por Ricardo Palma en el libro Tradiciones Peruanas.