Algunas obras debieron ser dirigidas por otro hijo, Pedro Pereira y no fueron terminadas en 1359, como se desprende de una carta real enviada ese año a D. Álvaro, habiendo sido terminadas en 1362.
El castillo da Amieira, junto con otros de la Orden, obedeció a la reina, situación que se modificó unos meses después, por influencia del condestable D. Nuno Álvares Pereira, hermano del Prior, que partió para Castilla.
El único episodio militar en el que el castillo estuvo involucrado ocurrió en 1440.
Cuando doña Leonor, princesa de Aragón, en desacuerdo con el infante D. Pedro, se retiró con la complicidad del prior Nuno de Góis a Crato, invocando en su ayuda a las fuerzas del Reino de Castilla que rodeaban Amieira.
En los siglos siguientes, se llevaron a cabo pequeñas obras de modernización bajo el reinado de Juan II (1481-1495) y Manuel I (1495-1521), una fase en la que habría servido como prisión.