Fundó allí, en 1910, un Jardín botánico, adscrito a la Secretaría de Agricultura y Fomento.

Conzatti había comenzado una colección botánica cuando aún estaba en Italia, y continuó con esto en Jalapa, creando una clave para las familias de fanerógamas de México que fue publicado en 1889.

Cuando el naturalista Alfonso L. Herrera fundó la Administración de Ciencias Biológicas, Conzatti trabajó en la organización, haciendo uso de su gran biblioteca y un jardín botánico para continuar sus estudios.

En 1919, realizó recolecciones en todo el estado, publicó una obra sobre Oaxaca y sus recursos naturales, en 1920.

Conzatti nunca recibió formación botánica formales, su interés y dedicación llevaron a un profundo conocimiento de las plantas mexicanas, y las principales contribuciones a la botánica.